مندی و الی بزودی صاحب بچه میشوند. مندی به قدری از این بابت هیجان زده است که دیگر به چیزی اهمیت نمیدهد. دیگو نیز دچار تغییری در بدن خود شده‌است و حالا که مندی صاحب یک خانواده شده‌است میخواهد او را ترک کند.
سید فهمیده است که گروه بزودی متلاشی میشود میخواهد برای خودش گروهی مستقل تشکیل دهد. او سه تخم دایناسور پیدا می‌کند ولی مادر بچه‌ها آن‌ها را به همراه سید می‌دزدد.
حالا که سید گمشده است مندی و الی با دیگو که برگشته است به اعماق زمین می‌روند و درمی‌یابند که هنوز دوران دایناسورها تمام نشده است. آن‌ها به رهبری یک راسوی ماجراجو به نام باک بدنبال سید می‌روند.
در آخر آن‌ها موفق به نجات سید میشوند. این در حالی ست که همه شخصیت‌های تنهای داستان (دیگو، باک و…) به اهمیت خانواده پی می‌برند.
فیلم همچنین ادامه کار اسکرت سنجاب بدشانس و بلوط و یک شخصیت جدید دیگر (اسکرتی) را دنبال می‌کند.
