به دنبال وقایع Godzilla: Planet of the Monsters ، Aratrum پس از برخورد با گودزیلا اصلی قادر به تماس با هارو و بقیه نیست. اگر هواپیماهای بدون سرنشین ظرف 48 ساعت موفق به یافتن بازماندگان نشوند ، ناخدا دستور خروج آراتروم را می دهد. مشخص شده است که هارو ساکاکی توسط دختری بومی به نام میانا نجات یافته است که زخم خود را با پودر عجیبی درمان کرد. هارو با برخی از هم تیمی های خود در حالی که آنها با کسی روبرو شدند که بعداً یاد گرفتند خواهر دوقلوی میانا است ، قبل از اینکه توسط حزب شکار دوم اسیر شود ، روبرو شد. این گروه با مارتین لازاری که جوخه های آنها توسط افراد دوقلو که به “Houtua” معروف شده اند ، بازماندند ، از فرزندان زنده مانده انسانهایی که بر روی زمین باقی مانده اند و تخم خدای سقوط کرده خود را محافظت می کنند.
این دوقلوها و رهبران Houtua در مورد علت سوزاندن زمین های خود از این گروه به صورت تله پاتیک سال می شوند ، و آنها اجازه می دهد تا آنها را ترک کنند و هارو توضیح دهد که آنها فقط به گودزیلا حمله می کنند. این دوقلوها با همراهی میانا و ماینا به عنوان راهنمای محافظ و ناظر خود ، نشان می دهد که آنها همچنین می توانند به صورت کلامی صحبت کنند ، گروه هارو با متیفیس و دیگر بازماندگان در هنگام برخورد با سرووم متحد می شود. در حین مبارزه ، گالو-گو متوجه می شود که نوک پیکان دوقلوها با “نانومتل” ، فناوری نانو مورد استفاده برای ایجاد Mechagodzilla ، پوشیده شده است. گالو گو توضیح می دهد که نانو فلز به طریقی در 20 هزاره گذشته زنده مانده و گسترش یافته است. هارو توسط گالو گو متقاعد شد كه بر روی زمین باقی بماند و طرح كشتن گودزیلا را از سر بگیرد و چند نفر از خدمه را به آراتروم بفرستد. این گروه امضای انرژی را در تأسیسات بازسازی شده ای که Mechagodzilla نگهداری می کند ، پیدا می کنند و گالو گو آن را “شهر Mechagodzilla” نامگذاری می کند. دوقلوها در حالی که به هارو هشدار می دهند که نانو فلز سمی است ، از گروه جدا می شوند. Bilusaludo به این گروه اطمینان می دهد که این فناوری فقط برای گودزیلا مضر است.
تیم به زودی دریافت که نیمی از سر Mechagodzilla زنده مانده منبع نانومتل است زیرا Galu-Gu به مغز Mechagodzilla دسترسی پیدا می کند تا تمام مواد لازم را برای به دام انداختن گودزیلا در داخل شهر ایجاد کند و آن را با نانومیل بپوشاند تا با دارونهای EMP تمام شود. یوکو ضمن نظارت بر ساخت و ساز ، لباس مکانیکی او به یکی از سه زره پوش بیرونی کرکس تبدیل شد ، به احساسات خود نسبت به هارو اعتراف می کند و او را می بوسد. هارو از زمان ورود به شهر مانند برخی دیگر کمی احساس بیماری می کند ، متفیس را پیدا می کند که در یک غار مشغول کار است تا یک مورد را با برخی از فن آوری های Galu-Gu تعمیر کند. Metphies به دلیل وسواس در منطق ، انگیزه های Bilusaludo را برای تبدیل شدن به هیولا تبدیل می کند ، و به هاروو می گوید نام وحشت بزرگتر از Godzilla که دنیای جهانی او را نابود کرد: “Ghidorah”.
همانطور که گودزیلا بیدار می شود ، بیشتر اعضای انسان از اینکه می دانند بیشتر Bilusaludo با میل و رغبت به خود اجازه داده اند برای تقویت بیشتر شهر Mechagodzilla جذب شوند ، وحشت زده می شوند. پیشروی سریع گودزیلا به سمت شهر ، گالو گو را مجبور می کند تا دفاع شهر را فدا کند تا بتواند قدرت را به اتمام برساند و هارو ، یوکو و بلو از کرکس ها برای کند کردن گودزیلا استفاده کنند. اگرچه این سه نفر توانستند گودزیلا را برای اجرای برنامه نگه دارند ، اما گودزیلا از دام زنده مانده و برای گرم شدن بیش از حد تاسیسات اقدام می کند. این باعث می شود که گالو-گو سرسخت با فرار انسانها از شهر با نانومتل جوش بخورد. سپس گالو-گو کرکس ها را به خلبانان خود جذب می کند تا از آنها به عنوان نیزه های قربانی برای کشتن گودزیلا استفاده کنند.
هارو تحت تأثیر قرار نمی گیرد در حالی که یوکو برخلاف میل خود آرام آرام تغییر شکل می دهد. متفیس به هارو متضاد هشدار می دهد كه اگر مكاگودزیلا متوقف نشود ، زمین را مصرف خواهد كرد و تخریب آن می تواند یوكو را نجات دهد ، گالو گو معتقد است كه فراتر از انسانیت آنها تنها راه كشتن گودزیلا است. سرانجام هارو تصمیم می گیرد با انسانیت سالم خود ، با نابودی گالو گو و مرکز فرماندهی ، نانومتال را بی اثر کند زیرا گودزیلا خود را آزاد می کند و شهر را نابود می کند ، با گودزیلا مبارزه کند. هارو به یوکو تمایل دارد ، که قادر به بیدار شدن از حالت کما نیست ، در حالی که انسانهای زنده مانده در حالی که همه چیز در اطراف آنها می سوزد ، در غاری با متفیز پنهان می شوند.
