مهندسی ژنتیک روی درختان در یک مرکز تحقیقاتی روی ماه برای تولید درختانی که قادر به رشد در شرایط سخت و خشک هستند انجام شد. درختان به هوش می آیند ، ماه را تکه تکه می کنند و از طریق فضا تا سطح زمین گسترش می یابند و تمدن های زمین را از بین می برند. سیصد سال بعد ، ژاپن اکنون به دیستوپی تبدیل شده است ، پوشیده از جنگل ، وسعت عظیمی از درختان شیرین که توسط درختان شبیه درخت اداره می شود و تأمین آب برای درختان و انسان ها را کنترل می کند. آگیتو ، پسر جوانی ، پدرش آگاشی و دوستانش قابیل و مینکا ، در شهر خنثی ، شهری در حاشیه جنگل که از آسمان خراش های خراب کنده شده زندگی می کنند. شهر خنثی به عنوان یک محافظ و پل ارتباطی بین جنگل و ملت نظامی گرا راگنا عمل می کند ، که در بخشی از زمین بایر خالی ایجاد شده است ، و در نتیجه وجود جنگل ، اکنون بقیه کره زمین را پوشش می دهد. در حالی که مردم شهر خنثی برای همزیستی مسالمت آمیز با درختان جنگل تلاش می كنند ، ملت راگنا هدف از بین بردن جنگل برای بازیابی زمین است.
یک روز ، آگیتو و قابیل یکدیگر را مسابقه می دهند تا ببینند چه کسی می تواند ابتدا به سوراخ آب در پایین شهر برسد. با برهم زدن حرمت حفره آب و عصبانیت درویدی ها ، دو پسر از هم جدا می شوند. آگیتو پس از برخورد با ماشین بزرگی که دارای غلاف های برودتی است ، به طور تصادفی تولا ، دختر جوانی را که از 300 سال گذشته در خواب بوده است زنده می کند و او را به شهر خنثی می آورد. جنگل از بیداری Toola خشمگین است ، زیرا او یک Raban – یک وسیله الکترونیکی شخصی قابل حمل ، که به عنوان گردنبند استفاده می شود ، حمل می کند که می تواند برای برقراری ارتباط و کارهای مختلف استفاده شود. جنگل می ترسد که او به دست Shunack ، یک سرباز Ragna و همچنین شخصی از گذشته که از خواب بیدار شده است ، بیفتد و او با استفاده از Raban او ESTOC ، “سیستم از بین بردن محیط زیست” را با توانایی جنگل را از بین ببرید و کنترل انسان را بر جهان بازگردانید.
شناک در مورد تولا آگاهی پیدا می کند و با ارتش خود به شهر خنثی می رسد تا او را متقاعد کند که به او بپیوندد. جنگل یک موجود گیاهی عظیم الجثه را می فرستد تا جلسه را متوقف کند ، اما شوناک آن را از بین می برد و فاش می کند که “پیشرفت کرده است” – او به خود اجازه داده است که توسط جنگل تغییر ژنتیکی یابد تا با استفاده از قدرت درختان قوی شود. متقاعد شد که یافته E.S.T.O.C. تنها راه برای بازگرداندن زمین به جهان است که او زمانی می دانست ، Toola با وجود درخواست آگیتو برای رفتن به Shunack در تلاش او پیوست. آگیتو با پدرش آگاشی ، بنیانگذار شهر خنثی مشورت می کند که در نتیجه افزایش و استفاده بیش از حد از قدرت خود ، تقریباً کاملاً به درخت تبدیل شده است. چند روز مانده به درخت شدن کامل ، آگاشی پسرش را تشویق می کند که جنگل را از برنامه Shunack نجات دهد ، زیرا از بین بردن درختان ، زیرا آنها آب را کنترل می کنند ، به معنای نابودی بشر است. آگیتو به جنگل سفر می کند و اجازه می دهد خودش را تقویت کند ، در نتیجه موهایش نقره ای می شود.
آگیتو Shunack و Toola را به ESC.T.O.C دنبال می کند ، یک آتشفشان غول پیکر که به سلاحی مکانیزه و متحرک تبدیل شده است. E.S.T.O.C. توسط دکتر تولا ، دکتر ساكول ، پزشكی كه تحقیقات ژنتیكی روی درختان را آغاز كرده بود ، ایجاد شد. هولوگرام دکتر ساکول داستان چگونگی تحقیقات منجر به وضعیت فعلی جهان را توضیح می دهد ، و او E.S.T.O.C را ایجاد کرد. به عنوان بهترین محافظ ممکن در برابر درختان تغییر یافته. Shunack که به ارتش راگنا خیانت کرده و توجه خود را معطوف به استفاده از E.S.T.O.C کرده است ، نشان می دهد که وی یکی از افرادی بود که همچنین روی آزمایش های اصلی تغییر ژنتیکی روی درختان کار کرده است. با این حال ، بی صبری وی برای تسریع روند تغییر منجر به حمله فاجعه باری به درختان جهش یافته شد. Shunack قصد دارد E.S.T.O.C را فعال کند. برای برگرداندن جهان به گذشته و صدمه ای که او ایجاد کرده و گناهی که از آن زمان او را آزار می دهد ، درست است ، حتی اگر این بدان معنی باشد که جهانی را که به جای یک فرد قدیمی ساخته شده است ، نابود خواهد کرد. برنامه های Shunack برای فعال کردن E.S.T.O.C در نزدیکی شهر خنثی ، بنابراین آن را از بین برد. وقتی توولا متوجه این موضوع شد ، سعی می کند مانع از فعال شدن Shunack E.S.T.O.C شود. هنگامی که ارتش راگنا حمله خود را به E.S.T.O.C آغاز می کند ، Agito با Shunack روبرو می شود. Agito که قادر به مقابله با Shunack نیست ، برای نجات Toola به درخت تبدیل می شود و Shunack را در بدن او جذب می کند. Toola خاموش می شود E.S.T.O.C. و توالی خود تخریب سلاح آغاز می شود. توولا که احساسات شدیدی نسبت به آگیتو داشته است ، قادر به ترک بدون او نیست.
در همین حال ، هوشیاری آگیتو در هواپیمای دیگری دست نخورده باقی مانده و در آنجا جنگل حقیقت رابطه بین خود و انسان ها را برای او آشکار می کند. Agito می آموزد که مخلوط ژنتیکی که به انسان قدرت فوق العاده ای می دهد و در نهایت آنها را به درخت تبدیل می کند ، واقعاً یک مبادله دو طرفه است. همچنین جنگل را تغییر می دهد و باعث می شود درختان در میوه های غول پیکر انسان جدیدی به دنیا آورند. Shunack که با جنگل یکی شده ، اکنون در صلح است و دیگر قصد جنگ با Agito را ندارد. درک اینکه Agito می تواند بشریت را بیاموزد که هیچ چیز وجود ندارد
جنگل یا به خصومت یا جدایی بین خود و درختان احتیاج دارد ، جنگل Agito را به شکل واقعی خود بازمی گرداند و به او و Toola اجازه می دهد قبل از E.S.T.O.C فرار کنند. از بین رفته است با نجات انسانها و جنگل ، اگیتو بین انسانها و درختان صلح برقرار می کند. تولا سرانجام با انداختن ربان خود از یک برآمدگی به اعماق جنگل ، گذشته خود را رها کرد و یاد گرفت که سرانجام در هماهنگی با درختان زندگی کند.
