در ژاپن فئودال ، پسر 12 ساله ای به نام کوبو که تنها یک چشم دارد ، در غاری کوهستانی در حوالی یک روستا با مادر بیمار خود ساریاتو زندگی می کند. او با دستکاری جادویی اریگامی با موسیقی از شامیسن خود برای قوم دهکده ، زندگی خود را تأمین می کند و داستان پدر گمشده اش هانزو ، یک جنگجوی سامورایی را تعریف می کند. کوبو هرگز قادر نیست داستان خود را به پایان برساند ، زیرا او نمی داند چه اتفاقی برای هانزو افتاده است و ساریاتو به دلیل وخامت اوضاع روانی نمی تواند پایان را به خاطر بیاورد. ساریاتو به او هشدار می دهد که بعد از تاریک شدن هوا خواهرها ، کاراسو و واشی و پدربزرگش ، ماه شاه (که وقتی بچه بود چشمش را گرفت) او را پیدا کنند و چشم باقی مانده اش را بگیرد.
یک روز ، کوبو از جشنواره بن روستا مطلع شد که به آنها اجازه می دهد با عزیزان درگذشته صحبت کنند. کوبو در آن شرکت می کند اما از اینکه هانزو از فانوس خود ظاهر نمی شود عصبانی است و فراموش می کند که قبل از غروب آفتاب به خانه برگردد. کاراسو و واشی به سرعت او را پیدا می کنند و حمله می کنند ، اما ساریاتو ناگهان ظاهر می شود و با استفاده از جادوی خود کوبو را به دور می فرستد و به او می گوید زره پوش پدرش را پیدا کند.
کوبو در سرزمینی دور از خواب بیدار می شود تا میمون ، جذابیت میمون برفی چوبی خود را زنده کند. میمون به او می گوید ساریاتو رفته و روستا ویران شده است. آنها با کمک “هانزو کوچک” ، چهره ای اوریگامی مبتنی بر پدر کوبو ، برای یافتن زره پوش راهی شدند. در طول راه ، آنها با بیتل ، سامورایی فراموشی روبرو می شوند که مورد لعن و نفرین قرار گرفت و به شکل هیزم گوزنی / هیبریدی انسانی درآید ، اما خودش معتقد است که شاگرد هانزو بوده است.
کوبو ، میمون و سوسک “شمشیر شکستنی” را از غاری که توسط یک اسکلت غول پیکر محافظت می شود ، پس می گیرند. آنها با قایق برگ از دریاچه لانگ عبور می کنند تا محل قرارگیری “سینه بند غیر قابل نفوذ” را در اعماق زیر آب پیدا کنند. كوبو و بیتل برای بازیابی آن به پایین شنا می كنند و با یك هیولای دریایی ، “باغ چشم” روبرو می شوند ، كه ابتدا با نمایش چشم اندازهایی از اسرار فراوان خود را به قربانیان خود وارد می كند ، سپس آنها را می خورد. کوبو در معرض دید این موجود قرار می گیرد ، اما در حالی که محصور می شود ، می فهمد که میمون روح تناسخ یافته مادرش است. Beetle کوبو را که بیهوش است نجات می دهد و Breastplate را بدست می آورد ، اما هنگام بازگشت به قایق ، متوجه می شوند که میمون به سختی زخمی شده است که در حال مبارزه و شکست دادن کاراسو است.
آنها برای بهبودی به ساحل می روند ، جایی که میمون توضیح می دهد که توسط پادشاه ماه به او و خواهرانش دستور داده شده بود که هانزو را بکشند ، اما او در عوض عاشق او شد و ماه شاه او را دشمن دانست. در آن شب ، كوبو آرزو دارد كه با رايدن ، يك فرد مسن نابينا ، ملاقات كند و او را به سمت “كلاه ایمني غيرقابل نفوذ” در قلعه متروكه هانزو نشان دهد. آنها روز بعد به آنجا سفر می کنند اما خیلی دیر متوجه می شوند که این تله ای است که مون کینگ و واشی آن را نصب کرده اند. واشی فاش می کند که بیتل هانزو است ، که آنها به خاطر بردن ساریاتو از آنها نفرین کردند و هانزو را می کشد. ساریاتو خود را فدا می کند ، وقت کوبو را می گیرد تا با استفاده از شامپاین خود واشی را شکست دهد و دو رشته از سه رشته را بشکند. هانزو کوچولو بینشی را به کوبو می دهد که کلاه ایمنی در واقع زنگ دهکده است و کوبو آخرین رشته را می شکند تا سریع به آنجا سفر کند.
در دهکده ، کوبو با رایدن آشنا می شود که به عنوان شاه ماه آشکار می شود. او پیشنهاد می کند تا چشم دیگر کوبو را بگیرد تا او را جاودانه کند ، اما کوبو امتناع می کند. Raiden به یک اژدهای غول پیکر Dunkleosteus ، Moon Beast تبدیل می شود و Kubo و سایر روستاییان را به گورستان خود تعقیب می کند. وقتی زره هانزو بی اثر شد ، کوبو آن را برداشته و با استفاده از موهای مادرش ، بندهای کماندار پدرش و موهای خودش ، پارچه های خود را محدود می کند. او با ساز ، روح عزیزان روستایی را احضار می کند ، که به Raiden نشان می دهند که خاطرات قوی ترین جادوی همه است و هرگز از بین نمی رود. جادوی کوبو و ارواح از خود و روستاییان در برابر رایدن محافظت می کند و قدرت او را از او می گیرد و انسان فانی را بدون هیچ گونه خاطره ای ترک می کند. با تحریک داستان های کوبو ، روستاییان دلسوز می شوند و به Raiden می گویند او مردی بود که دارای ویژگی های مثبت بسیاری بود و او را در روستا پذیرفت. کوبو می تواند در هنگام مراسم بن بعدی ، با ارواح والدینش صحبت کند ، زیرا آنها شاهد تبدیل فانوس های روستاییان متوفی به حواصیل طلایی و پرواز به دنیای روح هستند.
