دانشمند دکتر فوجی توسط جیووانی ، رهبر تیم راکت استخدام شده است تا از تخصص خود در شبیه سازی استفاده کند تا یک اسلحه زنده بر اساس مژه Pokémon Mew افسانه ای ایجاد کند. به زودی پس از ایجاد سلاح ، حساسیت پیدا می کند و Mewtwo نامگذاری می شود.
چندین سال بعد ، Mewtwo کاملاً از خواب طولانی در یک آزمایشگاه در New Island بیدار شده و منشا origin خود را به عنوان کلون Mew از دکتر فوجی می فهمد. با عصبانیت از اینکه فوجی و همکارانش او را چیزی بیش از یک آزمایش نمی دانند ، او قدرت روانی خود را آزاد می کند و آزمایشگاه را نابود می کند و فوجی و بقیه دانشمندان را به قتل می رساند. جیووانی ، از نزدیک شاهد قتل عام ، نزدیک می شود و موفتو را متقاعد می کند تا با او همکاری کند تا قدرت های خود را تقویت کند. با این حال ، پس از آنکه Mewtwo از هدف خود برای استفاده از سلاحی به سود جیووانی آگاهی یافت ، دوباره به جزیره جدید فرار می کند و در آنجا نقشه انتقام خود را از بشریت می کشد.
پس از بازسازی آزمایشگاه Mewtwo و ایجاد پایگاه در آنجا ، او چندین مربی را با پیام های هولوگرام دعوت می کند تا با بزرگترین مربی Pokémon جهان در New Island نبرد کند. خاکستر ، میستی و بروک پیامی دریافت می کنند و دعوت را می پذیرند ، اما هنگامی که آنها به شهر بندر می رسند ، Old Shore Wharf ، Mewtwo طوفانی ایجاد می کند ، و باعث می شود قایق های اسکله برای ایمنی بسته شوند. در نتیجه ، گروه Ash توسط Team Rocket مبدل به کاپیتان یک قایق بادبانی Lapras می شود. پس از غرق شدن طوفان در وسط اقیانوس ، آش و دوستانش بجای آن از پوکمون های خود برای رسیدن به جزیره جدید استفاده می کنند.
آش و دیگر مربیانی که توانستند خود را به این جزیره برسانند توسط زنی که در هولوگرام ظاهر شده بود ، به داخل کاخ جزیره اسکورت شدند و با Mewtwo روبرو شدند. این زن پس از رها شدن از کنترل ذهن Mewtwo ، نشان داد که او یک پرستار شادی مغز شسته شده است. Mewtwo با استفاده از Pokémon شبیه سازی شده ، مربیان را به چالش می کشد. در همین حال ، Team Rocket نیز به جزیره جدید می رسد و با یک Mew بی گناه دنبال آنها ، در پناهگاه داخلی خود جستجو می کند. پس از آنکه کلون های Mewtwo بدون زحمت پوکمون رقیبان را شکست دادند ، وی آنها را مصادره کرده و ارتش کلون خود را گسترش می دهد. خاکستر پیکاچو را که به اسارت در آمده است به پایین آزمایشگاه شبیه سازی ، جایی که Meowth Team Rocket نیز کلون می شود ، تعقیب می کند. Ash ماشین شبیه سازی را از بین می برد ، پوکمون های دستگیر شده را آزاد می کند و آنها را به مقابله با Mewtwo و کلون های او هدایت می کند. سپس Mew خود را آشکار می کند و Mewtwo برای اثبات برتری خود آن را به چالش می کشد.
همه افراد اصلی پوکمون با کلونهای خود مبارزه می کنند ، صرف نظر از یک Pikachu و Meowth سرپیچ ، که پس از درک بی معنی بودن جنگ آنها با کلون خود صلح می کند. اش از وحشت از درد و رنجی که در دو طرف نبرد احساس می شود ، خود را در بین انفجار روحی ناشی از درگیری Mewtwo و Mew قرار می دهد و منجر به سنگ شدن Ash می شود. پیکاچو با برق خود سعی در احیای خاکستر دارد اما از کار می افتد. با این حال ، اشک های پوکمون قادر به بهبود و احیای خاکستر است. تحت تأثیر فداکاری اش ، مفتو متوجه می شود که نباید احتیاج به قضاوت در مورد ریشه هایش داشته باشد بلکه باید در زندگی او قضاوت شود. Mewtwo که با Mew و کلون ها حرکت می کند ، زمان خود را به قبل از ترک مربیان Old Shore Wharf برگردانده و خاطرات همه را از این رویداد پاک می کند.
در اسکله Old Shore ، پرستار شادی که اکنون دوباره احیا شده است بازگشته است تا مرکز Pokémon را برای پناه دادن به مربیان بازگشایی کند. طوفان بیرون روشن می شود ، نقاط خاکستر Mew در حال پرواز در میان ابرها است و به دوستانش می گوید که روزی که پالت تاون را ترک کرد چگونه یک پوکمون افسانه ای دیگر را دید. در همین حال ، تیم راکت خود را در جزیره جدید گرفتار می کند اما از وقت خود در آنجا لذت می برد.
بعد از تیتراژ ، یک صحنه کوتاه Mewtwo ، Mew و کلون هایی را نشان می دهد که به سمت کوه کوئنا پرواز می کنند.
