در سال 2002، سه سال پس از وقایع فیلم اول، نوا ایزومی و آسوما شینوهارا اکنون در حال آزمایش کارگران جدید در تاسیساتی هستند که توسط پلیس متروپولیتن اداره می شود. ایسائو اوتا مربی کار در آکادمی پلیس است. از آن زمان مایکیاسو شینشی به عنوان رئیس امور عمومی پلیس کلانشهر توکیو منصوب شد. سیتارو ساکاکی بازنشسته شد و شیگئو شیبا سمت خود را به عنوان سرپرست تیم نگهداری نیروی کار بر عهده گرفت و هیرومی یامازاکی ، کیچی گوتو و شینوبو ناگومو در این واحد باقی ماندند زیرا کانوکا کلنسی برای همیشه به نیویورک بازگشت. بیشتر آنها با خلبانان تازه کار جایگزین شده بودند.
وقایع مشکوک پس از تخریب پل خلیج یوکوهاما توسط موشک، با تصرف نظامی توکیو توسط نیروهای GSDF و حکومت نظامی تحقق می یابد، با این اعتقاد که JASDF مقصر بود. اعتراضات در پایگاه های مختلف JSDF به عنوان ابزاری برای انکار حمله پل انجام می شود. دیری نپایید ، وحشت عمومی در حالی رخ می دهد که جنگنده های جنگی مشخص شده توسط JGSDF در چندین پل در خلیج توکیو ، مراکز ارتباطی مختلف و مقرهای SV2 ، همراه با انتشار یک گاز مرگبار فرض شده پس از تیراندازان تیراندازان تیم ویژه حمله به هواپیمای خلبان که خود مسئول خلبانی بود ، شلیک کردند. برای مسدود کردن همه وسایل الکترونیکی در منطقه بزرگ توکیو.
Goto و Nagumo بار دیگر اعضای اصلی بخش 2 را در یک گذرگاه متروکه مترو جمع می کنند در حالی که آنها شروع به یک عملیات مخفی برای دستگیری یوکییتو تسوگ ، افسر سابق GSDF می کنند که حملات تروریستی را به عنوان انتقام از شکست عملیات صلح سازمان ملل در کامبوج برنامه ریزی کرده است در سال 1999. با تهدید مداخله نظامی توسط نیروهای ژاپن توسط نیروهای ایالات متحده ، مگر اینکه دولت اوضاع را کنترل کند ، تیم از یک بخش قدیمی از خط Ginza برای نزدیک شدن به یک جزیره مصنوعی استفاده می کند که Tsuge به عنوان مخفیگاه خود استفاده می کند. گوتو همچنین با تسهیل دستگیری شیگکی آراکاوا ، یک مأمور اطلاعاتی GSDF که در واقع یکی از هم گروهان تسوگ است ، در پایان کار به امور خود رسیدگی می کند. پس از یک درگیری شدید در داخل تونل جزیره مصنوعی که منجر به طغیان می شود ، تیم در حالی که ناگومو از بین می رود تونل را تخلیه می کند تا سرانجام Tsuge را دستگیر کند.
