با کم شدن منابع ، پانصد میلیارد استعمارگر به زمین برمی گردند ، و این باعث جنگ بازگشت به دلیل منابع باقیمانده زمین می شود. جنگ خونین فقط زمانی پایان می یابد که یک دولت استبدادی ، تحریم گایا ، زمین را سیاره ای مقدس ممنوع برای بشریت اعلام کند. ناوگان هارلوک با کمک چهار کشتی غیرقابل توقف که از فناوری بیگانه تأمین می شوند ، مانع از محاصره مجدد زمین می شود تا زمانی که معاهده ای به نخبگان دیپلماتیک اجازه مهاجرت دهد. خشمگین از این خیانت خشمگین ، تحریم گایا را روشن می کند. هارلوک با کشتی خود ، Arcadia ، که به شدت آسیب دیده است ، ماده تاریک کشتی را آزاد می کند. با هدف قرار دادن زمین در یک میدان نیروی محافظ ، در عوض غیرقابل سکونت می شود. Arcadia زنده مانده است اما برای همیشه تغییر کرده است. هارلوک که اکنون یک دزد دریایی نامیرا است ، قول می دهد تا کفاره اش را بدهد.
Gaia وضعیت زمین را با هولوگرام غول پیکر برای حفظ قدرت پنهان می کند. هارلوک و خدمه اش 100 کلاهک از تحریم گایا را برای “شروع دوباره” می دزدند. دریاسالار ایزورا برادر کوچکتر خود یاما را برای کشتن هارلوک استخدام می کند. یاما موافق است ، ناامید از جبران تصادف کودکی که ایسورا را فلج کرد و عشق متقابل آنها ، نامی را به شدت آسیب رساند. هاراک ، با آگاهی از برنامه خود ، به یاما اجازه می دهد تا به خدمه خود نفوذ کند. یاما در حین انجام مأموریت برای نصب کلاهک آخرالزمان ، می فهمد که برنامه هارلوک این است که با انفجار کلاهک های کلاهک در مکان های استراتژیک جهان ، جریان زمان را مختل کرده و تاریخ را تغییر دهد. وقتی مأموریت به بیراهه می رود ، یاما خودش را برای نجات یک همکار خود محکوم می کند. هاروک یاما را نجات می دهد ، که به طور خلاصه اعدام هارلوک را در نظر می گیرد. در هواپیمای Arcadia ، سخنان و نگرش هارلوک و پذیرش خدمه ، یاما را متقاعد می کند که از هارلاک پیروی کند.
مجازات Gaia به ایزورا اجازه می دهد تا از سوپرمارکت برای جلوگیری از هارلوک استفاده کند. هارلوک با استفاده از هولوگرام از ناوگان گایا فرار می کند. ایزورا با استفاده از ابر سلاح Arcadia را از بین می برد ، اما این هولوگرام دیگری است. Arcadia واقعی ناوگان را کمین می کند ، پرچمدار ایزورا را قوچ می زند و هارلوک خدمه را به گروگان می گیرد. یک بار در زمین و گذشته از توهم بزرگ ، خدمه از سرنوشت زمین وحشت دارند. ایزورا نقشه واقعی هارلوک را فاش می کند: هارلوک قصد دارد جهان فعلی را نابود کند و جهانی جدید را دوباره تولد دهد.
شوکه شده ، یاما در کنار ایزورا قرار دارد و Arcadia ظاهراً با میل خودش از زمین دور می شود. یاما به ایسورا و خدمه اش کمک می کند تا آرکادیا را تصاحب کنند. با زندانی شدن کشتی و خدمه ، ایسورا با نامی روبرو می شود ، وی برنامه های تاکتیکی خود را به یاما اطلاع می دهد. نامی متوجه می شود که او منبع عذاب ایسورا است ، نه یاما. نامی ایزورا را تحریک می کند تا باعث شود زندگی او شکست بخورد. در حالی که نامی می میرد ، اعتراف می کند که او را دوست دارد و برای رسیدن به او آرامش می کند.
ایسورا درباره مرگ نامی دروغ می گوید. یاما با ناباوری ایزورا و درگیر مرگ نامی ، به زمین برمی گردد ، جایی که یک علفزار گل پیدا می کند. یاما اعدام علنی هارلوک را قطع کرده و خدمه Arcadia را آزاد می کند. یاما می گوید هم او و هم هارلوک اشتباه کردند و او یک گل به آنها نشان می دهد. هارلوک که بر اثر احتمال “شروع مجدد” مسالمت آمیز غلبه کرده ، برنامه های قبلی خود را رها کرده و تصمیم می گیرد تحریم گایا را فاش کند.
Arcadia از ناوگان Gaia فرار می کند و انتشار دهنده های هولوگرام زمین را از بین می برد. حقیقت آشکار وضعیت زمین ، تحریم گایا را بی ثبات می کند ، شرطی که برای مشروعیت بخشیدن به حکمرانی آنها به احترام شبه مذهبی زمین بستگی دارد. رهبر تحریم های گایا که ناامید از مهار اوضاع است تصمیم می گیرد از یک توپ ذرات روز رستاخیز برای نابودی Arcadia استفاده کند. با درک اینکه زمین نیز می تواند نابود شود ، ایسورا Arcadia را قوچ می کند و آن را از زمین دور می کند. هر دو کشتی سوار یکدیگر می شوند و تلفات زیادی را از هر دو طرف وارد می کنند.
یاما با ایسورا روبرو می شود. ایزورا به صورت یاما شلیک می کند و او را شبیه هارلوک زخم می کند. هارلوک با نجات یاما ، ایزورا را زخمی کرد. وقتی ایسورا در مورد توپ ذرات به آنها هشدار می دهد ، هارلوک اظهار داشت که ایزورا تنها کسی است که به زمین وفادار مانده است. هارلوک دوباره ماده تاریک Arcadia را آزاد می کند. با حرکت Arcadia از زمین و محافظت توسط سپر ماده تاریک ، هر دو زمین و Arcadia از انفجار توپ جان سالم به در بردند. وقتی ایسورا می میرد ، او توضیح می دهد که او زمین را نجات داد زیرا می دانست نامی و مادرشان گل دوست دارند.
پس از فرود سقوط Arcadia بر روی زمین ، هارلوک منفجر کننده نهایی را تنظیم می کند و می گوید جنگ دیگر بازگشت به خانه اجتناب ناپذیر است. با باور زمین هدیه ای از طرف نامی و ایسورا است ، یاما از نابودی آن امتناع می ورزد. هارلاک با پسندیدن جواب خود ، منفجر کننده را به یاما می دهد و می گوید جهان به افسانه کاپیتان هارلوک نیاز دارد. با مقابله ناوگان تحریم گایا با آرکادیا ، خدمه از خواب بیدار می شوند ، ظاهراً توسط ماده تاریک بهبود یافته و کشتی فرار می کند ، اکنون فرماندهی یاما را بر عهده دارد و سپس کاپیتان هارلوک جدید می شود.
