یک جک راسل تریر به نام مکس با صاحبش کتی در یک آپارتمان در منهتن زندگی می کند. در حالی که او کار می کند ، او با دیگر حیوانات خانگی در ساختمان معاشرت می کند: گربه چوبی Chloe ، پاگ مِل ، دوست داشوند ، و نخود شیرین. یک روز ، کیتی دوک مخلوط را به فرزندی قبول می کند و باعث حسادت مکس می شود. دوک که از این نگرش مکس عصبانی شده است ، سعی می کند در یک کوچه ماکس را رها کند ، اما هر دو مورد حمله گربه هایی به رهبری اوزون گربه Sphynx قرار می گیرند که یقه های آنها را برداشته و آنها را به دام کنترل حیوانات می گذارد. دوک می ترسد اگر دوباره به پوند برگردد کشته خواهد شد. هنگامی که گیدج ، یک سفید پوستان و عاشق مکس ، مفقود شدن او را کشف می کند ، تصمیم می گیرد او را پیدا کند.
ماکس و دوک توسط یک خرگوش سفید به نام Snowball ، رهبر “حیوانات خانگی Flushed” نجات یافتند – باند حیوانات فاضلاب که از انسان متنفرند زیرا صاحبان آنها با آنها بدرفتاری کرده و آنها را طرد کردند. بعد از اینکه ماکس و دوک با گفتن اینکه صاحبانشان را کشته اند ، وانمود می کنند که انسان ها را تحقیر می کنند ، حیوانات خانگی Flushed آنها را به پیوستن دعوت می کنند. قبل از اینکه آنها بتوانند وفاداری خود را از طریق نیش افعی ثابت کنند ، Snowball می آموزد که مکس و دوک اهلی شده اند. این دو سگ از فاضلاب فرار کرده و سوار کشتی به بروکلین می شوند و در این راه ناخواسته افعی را می کشند. گلوله برفی انتقام می خورد و حیوانات خانگی Flushed را به دنبال آنها هدایت می کند.
در همین حال ، گیدج یک شاهین دم قرمز به نام Tiberius را استخدام می کند تا ماکس را پیدا کند ، اما او به اشتباه اوزون را پیدا می کند ، که گیدج مجبور می شود آنچه را که در مورد سگ ها می داند بگوید. سپس مل ، بادی ، کلوئه ، خوکچه هندی ، نورمن و شیرین نخود را به خدمت می گیرند. در راه ، آنها با Pops ، یک باسنت هاند قدیمی آشنا می شوند که به گیدج و حیوانات خانگی کمک می کند تا ماکس را پیدا کنند. در همین حال ، ماکس و دوک برای تهیه غذا به یک کارخانه سوسیس و کالباس حمله کردند. سپس ، گیدجت و تیمش با اسنوبال روبرو می شوند ، که نذر می کند آنها را نیز بکشد و با فرار بقیه اعضای گیدجت ، نورمن اسیر می شود.
در این بین ، دوک در مورد فرد مسنی که او را به عنوان یک توله سگ پذیرفته بود و عاشق گذراندن وقت با او بود به ماکس می گوید. یک روز ، دوک هنگام تعقیب یک پروانه گم شد و توسط حیوانات کنترل گرفتار شد ، اما فرد هرگز به ادعای او نیامد. آنها به خانه فرد در نزدیکی فرد مراجعه می كنند ، با اعتماد به نفس فرد هنوز او را دوست خواهد داشت و او را پس می گیرد ، اما آنها از گربه ساكن Reginald می آموزند كه فرد مرده است. دل شکسته ، دوک ماکس را به تلاش برای خلاص شدن از شر او متهم می کند و به خانه داران جدیدی که تازه به خانه بازگشته اند و با Animal Control تماس گرفته اند پارس می کند. کارمندان مکس را می گیرند اما دوک مدتی مداخله می کند تا ماکس فرار کند و در آخر اسیر می شود.
هنگام تلاش برای نجات دوک ، مکس توسط اسنوبال مورد حمله قرار می گیرد که می خواهد او را بکشد. با این حال ، وقتی باند او دستگیر شد ، اسنوبال متوجه می شود که او و مکس باید برای نجات آنها با هم کار کنند. آنها با اتوبوس شهری سوار ون روی پل بروکلین می شوند و ترافیک را متوقف می کنند. حیوانات خانگی Flushed ماکس را محاصره می کنند ، از همکاری او با اسنوبال بی خبرند ، اما گیدجت و تیم او او را نجات می دهند. گیجت از مهارت های جنگی کونگ فو خود استفاده می کند و مکس عاشق او می شود. ون در داربست گیر می کند و حیوانات خانگی Flushed فرار می کنند. به محض اینکه مکس کلیدهای قفس دوک را گرفت ، ون با او در داخل رودخانه شرق سقوط می کند. مکس قادر نیست دوک را آزاد کند ، بنابراین اسنوبال برای بازیابی کلیدها به داخل رودخانه می پرد و به آنها اجازه می دهد از ون غرق شده فرار کنند.
کل گروه با تاکسی راننده خوک به بلوک آپارتمان برمی گردند. ماکس عشق خود را به گجت ابراز می کند ، که محبت خود را برمی گرداند. گلوله برفی و حیوانات اهلی حیوانات خانگی برنامه جدیدی را برای نابودی همه انسانها تشکیل می دهند ، اما یک دختر کوچک به نام مولی از راه می رسد و گلوله برفی را به فرزندی قبول می کند و حیوانات خانگی فلوشه باقیمانده به فاضلاب ها برمی گردند. در ابتدا ، اسنوبال مقاومت می کند ، اما تسلیم می شود و اجازه می دهد خودش اهلی شود. حیوانات خانگی دیگر به خانه های خود برمی گردند و صاحبان خود را در آغوش می گیرند و سرانجام مکس و دوک با کیتی متحد می شوند و این باعث دوستی واقعی می شود.
