در سال 2005 ، Decepticons شرور سیاره خانگی Autobots یعنی Cybertron را فتح کردند. Autobots قهرمان ، که از دو قمر Cybertron فعالیت می کنند ، یک ضد حمله را آماده می کنند. رهبر Autobot Optimus Prime برای تأمین تجهیزات شاتلی را به Autobot City on Earth می فرستد. با این حال ، نقشه آنها توسط Decepticons کشف می شود ، که خدمه (Ironhide ، Prowl ، Ratchet ، Brawn) را می کشد و کشتی را می رباید. در اتوبوت سیتی ، هات رود ، در حال آرامش با دانیل ویتویکی (پسر اسپایک ویتویکی) شاتل ربوده شده را مشاهده می کند و نبردی مرگبار آغاز می شود. درست زمانی که Decepticons به پیروزی نزدیک می شوند Optimus با تقویت کننده ها می آیند. Optimus بسیاری از آنها را شکست می دهد و سپس Megatron را درگیر درگیری وحشیانه می کند و هر دو را مجروح می کند. Optimus در بستر مرگ خود ، ماتریس رهبری را به Ultra Magnus منتقل می کند و به او می گوید که قدرت آن تاریکترین ساعت Autobots را روشن می کند. از دست Optimus می ریزد و توسط Hot Rod گرفتار می شود ، که آن را به Ultra Magnus می دهد. بدن Optimus Prime با مرگ رنگ خود را از دست می دهد.
Decepticons از Autobot City در Astrotrain خارج می شوند. برای صرفه جویی در مصرف سوخت در بازگشت به سایبرترون ، آنها مجروحان خود را به جت انداختند و مگاترون توسط دومین فرمانده خائنانه اش Starscream کنار گذاشته شد. با رانش در فضا ، زخمی ها توسط Unicron ، یک سیاره حساس که دنیاهای دیگر را می خورد ، پیدا می شوند. یونیکرون در ازای از بین بردن ماتریکس که قدرت از بین بردن یونیکرون را دارد ، به مگاترون بدنه جدیدی ارائه می دهد. Megatron با اکراه موافقت می کند و به Galvatron بازسازی می شود ، در حالی که اجساد دیگر Decepticons های زندانی شده به نیروهای جدید او تبدیل می شوند: Cyclonus ، Scourge و Sweeps. در سایبرترون ، گالواترون تاجگذاری Starscream را به عنوان رهبر Decepticon مختل می کند و او را می کشد. سپس Unicron قمرهای Cybertron را از جمله پایگاه های مخفی با Autobots و Spike مصرف می کند. گالواترون با در دست گرفتن فرماندهی Decepticons ، نیروهای خود را به جستجوی Ultra Magnus در شهر ویران شده Autobot هدایت می کند.
Autobots های زنده مانده در شاتل های جداگانه فرار می کنند ، که توسط Decepticons ساقط می شوند و در سیارات مختلف سقوط می کنند. هات راد و کوپ به اسارت کوینتسون ها در می آید ، جماعتی از ستمگرانی که دادگاه های کانگورو را در دست دارند و زندانیان را با تغذیه آنها به شارتیکون ها اعدام می کنند. هات راد و کوپ از یونیکرون از کرانیکس ، یک بازمانده تنها از لیتون ، سیاره ای که در ابتدای فیلم توسط یونیکرون بلعیده شد ، یاد می گیرند. پس از اعدام كرانيكس ، هات رود و كوپ فرار مي كنند ، به كمك Dinobots و Autobot Wheelie كوچك ، كه به آنها كمك مي كند يك كشتي فرار كنند.
Autobots های دیگر در سیاره ناخواسته فرود می آیند و در آنجا مورد حمله Junkions بومی قرار می گیرند و سپس از حضور نیروهای Galvatron پنهان می شوند. Ultra Magnus در هنگام تلاش و عدم موفقیت در آزاد کردن قدرت ماتریس ، Autobots باقیمانده را ایمن می کند. او توسط Galvatron که ماتریکس را به دست می گیرد ، نابود می شود ، اکنون قصد دارد از آن برای کنترل Unicron استفاده کند. با Autobots با Junkions محلی ، به رهبری Wreck-Gar ، که مگنوس را بازسازی می کنند ، دوست می شوند. Autobots از سیاره Quintessons به آنها پیوست. با استنباط از اینکه Galvatron ماتریکس دارد ، Autobots و Junkions (که کشتی مخصوص خود را دارند) به Cybertron پرواز می کنند. Galvatron تلاش می کند Unicron را تهدید کند اما مانند Ultra Magnus نمی تواند Matrix را فعال کند. در پاسخ به تهدیدات Galvatron ، Unicron به یک ربات عظیم تبدیل می شود و شروع به تکه تکه شدن Cybertron می کند. وقتی گالواترون به او حمله می کند ، یونیکرون او و ماتریکس را کاملاً می بلعد.
در حالی که Unicron به نبرد با Decepticons ، Junkions و دیگر مدافعان Cybertron ادامه می دهد ، Autobots سفینه خود را به بیرون از چشم Unicron سقوط کرده و متلاشی می شوند. دانیل پدرش اسپایک را از سیستم گوارشی Unicron نجات می دهد و گروه جاز ، بامبلبی و کلیفجامپر را نجات می دهد. Galvatron تلاش می کند تا با Hot Rod اتحاد ایجاد کند ، اما Unicron او را مجبور به حمله می کند. هات راد ماتریکس را بازیابی می کند و به Rodimus Prime ، رهبر جدید Autobot تبدیل می شود. رودیموس گالواترون را به فضا پرتاب می کند و از قدرت ماتریکس برای از بین بردن یونیکرون استفاده می کند ، سپس با دیگر Autobots فرار می کند. در حالی که Decepticons از حمله Unicron به هم ریخته است ، Autobots پایان جنگ و بازپس گیری سیاره خانه خود را جشن می گیرد در حالی که سر بریده شده Unicron به دور Cybertron می چرخد.
