شخصی به نام تیم تمپلتون داستانی درباره خود تخیل هفت ساله خود و والدینش تد و جنیس تعریف می کند. یک روز ، تیم وقتی کودک با پوشیدن لباس شخصی با تاکسی به خانه اش می رسد ، تعجب می کند و تد و جنیس از او به عنوان برادر کوچک تیم یاد می کنند. تیم نسبت به توجه کودک یک روزه غبطه می خورد و به دلیل لباس نوزاد و رفتار عجیبی که در اطراف تیم از خود نشان می دهد مشکوک است ، اما والدین او فراموش نمی کنند.
به زودی ، تیم می فهمد که کودک می تواند مانند یک بزرگسال صحبت کند ، و او خود را “رئیس” معرفی می کند. تیم با دیدن فرصتی برای خلاص شدن از شر او ، تصمیم می گیرد با استفاده از یک نوار کاست ، مکالمه بین رئیس بچه و دیگر کودکان نوپایی را که برای ملاقات در خانه تیم هستند ، ضبط کند ، تحت عنوان قرار بازی در نظر والدین. در این جلسه ، رئیس بچه توضیح می دهد که توله سگها بیش از نوزادان عشق داشته اند و در جستجوی پرونده جدیدی است که حاوی شواهدی از توله سگ جدید از توله سگ است ، یک شرکت که محصولات جدیدی را برای سگ ها عرضه می کند ، قصد دارد آن را آزاد کند. قبل از اینکه کارشان تمام شود ، آنها تیم را جاسوسی می کنند. یک تعقیب و گریز آغاز می شود و رئیس بچه تهدید می کند حیوان شکم پر مورد علاقه تیم ، لام-لام را پاره می کند. تیم سعی می کند رئیس بچه را از پنجره به گلوله ببندد ، اما توسط والدینش گیر می افتد و به طور اتفاقی نوار کاست را بیرون از خانه تیراندازی می کند قبل از اینکه توسط یک ماشین در حال عبور خراب شود. والدین تیم بدون هیچ مدرکی برای حمایت از او ، او را زمینگیر کردند تا اینکه با رئیس بچه دوست شد.
رئیس بچه از تیم عذرخواهی می کند و از او می خواهد پستانکی را بخورد که آنها را به Baby Corp منتقل می کند ، جایی که نوزادان با ذهن بزرگسال مانند برای حفظ عشق نوزاد در همه جا کار می کنند. رئیس بچه توضیح می دهد که او برای دیدن این که چرا توله سگها را بیش از نوزادان دوست دارند ، فرستاده اند و او به محل زندگی تیم نفوذ کرده است زیرا والدینش در توله سگ کار می کنند ، که توله سگ جدید را در یک کنفرانس حیوانات خانگی در لاس وگاس آزاد می کند. باس بیبی با نوشیدن “فرمول مخفی کودک” که کودک را قادر می سازد مانند بزرگسالان رفتار کند ، هوشمند باقی می ماند. اگر کودک بعد از مدتی آن را ننوشد ، او یک کودک عادی می شود. وقتی آنها رئیس Boss Baby را تهدید كردند كه وی را به دلیل عدم آوردن اطلاعات تهدید به اخراج می كند ، كه فرمول او را سلب می كند و او را در Templetons گیر می اندازد ، او و تیم توافق می كنند كه برای جلوگیری از این امر با هم كار كنند.
والدین تیم مجازات او را لغو می کنند و برادران را به شرکت توله سگ می برند تا فرزند شما را به محل کار خود ببرند. در حالی که در آنجا هستند ، آنها دور می شوند و آنچه را که تصور می کنند برنامه های “Forever Puppy” است ، پیدا می کنند ، اما توسط بنیانگذار و مدیر عامل شرکت ، Francis E. Francis دستگیر می شوند. آنها کشف می کنند که فرانسیس قبلاً رئیس Baby Corp بوده و Boss Baby او را بت می کند. فرانسیس فاش کرد که او قصد دارد Forever Puppies با دزدیدن بطری سرم Boss Baby و تزریق توله سگها به انتقام اخراج از Baby Corp ، نوزادان را تحت الشعاع خود قرار دهد ، زیرا مشخص شد که فرمول مخفی او به دلیل عدم تحمل لاکتوز متوقف شده است. والدین تیم با فرانسیس به وگاس می روند و فرانسیس برادرش یوجین را به عنوان پرستار بچه تیم و رئیس بچه در نظر می گیرد تا آنها را از دخالت باز دارد.
بدون جریان ثابت فرمول برای حفظ هوش خود ، رئیس بچه شروع به تبدیل شدن به یک کودک عادی می کند. با وجود این ، او و تیم با کمک دیگر کودکان نوپا از “پرستار کودک” به اندازه کافی طفره می روند تا به فرودگاه برسند اما برای رهگیری والدین تیم خیلی دیر است. این دو با هم مشاجره می کنند ، اما بعداً آشتی می کنند و به هواپیمایی پر از هواداران الویس که به لاس وگاس می روند ، دزدکی حرکت می کنند. هنگامی که یوجین ناخواسته نقشه آنها را می دهد ، آنها ارائه فرانسیس را متوقف می کنند. فرانسیس که از تداخل آنها عصبانی است ، والدین تیم را قفل می کند تا بتواند آنها را با خروج موشک مورد استفاده برای پرتاب توله سگهای برای همیشه بکشد. تیم و رئیس کودک اوژن را شکست می دهند و برای نجات والدین خود حرکت می کنند اما توسط فرانسیس رهگیری می شوند. تیم و رئیس کودک او را از یک طاقچه خارج می کنند ، و باعث می شود فرانسیس در فرمول سقوط کند. رئیس بچه موشک را باز می کند تا توله سگها بیرون بروند تا آنها بتوانند والدین تیم را نجات دهند. بازگشت او به حالت نوزاد در حالی که موشک است کامل است و شروع به گریه می کند ، اما تیم برای نشان دادن قدردانی خود با ترانه خانوادگی برای او آواز می خواند و باعث می شود تا قبل از پرتاب موشک از آن بپرد. پس از پرتاب موشک ، تیم Boss Baby را به فرمول vat می برد و او به خود اصلی خود برمی گردد. سپس فرانسیس از دیگ خارج می شود ، كه به نوزادی تبدیل شده و سعی می كند به رئیس بچه حمله كند ، اما یوجین بازخرید شده او را برمی دارد و به تیم و رئیس بچه می گوید: “این بار او را درست تربیت خواهیم كرد.”
رئیس بچه ارتقا می یابد و می رود ، در حالی که والدین خاطرات خود را از او پاک می کنند تا مشکوک نشوند. تیم به یک فرزند تنها برمی گردد ، اما او و رئیس بچه ، در طول ماموریت خود با یکدیگر پیوند خورده اند ، دلتنگ یکدیگر می شوند. پس از اینکه تیم نامه ای را متقاعد كرد كه او را به عنوان برادرش با او زندگی كنند ، رئیس بچه به عنوان یك نوزاد عادی به نام تئودور لیندزی “تد” تمپلتون جونیور به خانواده تمپلتون برمی گردد و آنها با هم بزرگ می شوند. در حال حاضر ، تیم گفتن دخترش را تمام می کند. تابیتا در مورد تولد برادرش ، که اکنون یک تاجر بزرگسال است ، برای آرام کردن نگرانی هایش در مورد خواهر اخیراً متولدش ، تینا ، که تابیتا متوجه می شود رئیس رئیس دیگر کودک است مانند تد است.