راوی توضیح می دهد که در سال 1957 ، اتحاد جماهیر شوروی اولین ماهواره زمین Sputnik 1 را به مدار زمین پرتاب کرد. در سال 1961 ، هنگامی که ناسا میمونی به نام Enos را سوار هواپیمای Mercury Atlas 5 می کرد ، یوری گاگارین فضانورد اولین شخصی بود که به فضا رفت. رئیس جمهور آمریكا با احساس فوریت برای پیشی گرفتن از شوروی در مسابقه فضایی ، بیانیه ای را در مورد جلسه مشترك كنگره در 25 مه 1961 ارائه كرد و اظهار داشت كه قبل از پایان دهه ، او قصد دارد شخصی را به ماه و او را به سلامت به زمین برگردانید.
هشت سال بعد ، در سال 1969 ، مگسي 11 ساله به نام نات و دو دوست صميمي اش ، I.Q. و اسکوتر ، یک موشک “به اندازه مگس” در میدانی روبروی کیپ کاناورال ، فلوریدا ، جایی که آپولو 11 در مجتمع پرتاب مرکز فضایی کندی 39 نشسته است ، می سازند. از اولین خاطره او ، پدربزرگ نات ، آموس ، اغلب او را از بسیاری از ماجراهایی مانند نجات جسورانه آملیا ارهارت هنگام عبور از اقیانوس اطلس در پرواز انفرادی تاریخی خود در سال 1932. نات که می خواهد مانند پدربزرگش یک ماجراجو باشد ، به دوستانش می گوید که نقشه سوار شدن به آپولو 11 و رفتن به ماه را دارد. صبح روز بعد ، سه مگس خود را به ماموریت کنترل می رساند و در داخل کلاه ایمنی فضانوردان نیل آرمسترانگ ، باز آلدرین و مایکل کالینز قرار می گیرد.
پدربزرگ ، مادر نات و دیگران تلویزیون می بینند تا از ماجراجویی فرزندان خود خبری دریافت کنند. وقتی فضانوردان جلوی دوربین می آیند ، مگس های قهرمان در پس زمینه موج می زنند ، که برای مگس های دیگر قابل مشاهده است اما به سختی توسط انسان دیده می شود – به غیر از کنترل کننده مراقب پرواز ناسا ، استیو بیلز ، که “آلاینده های” موجود در هواپیما را به آرمسترانگ اطلاع می دهد. در اتحاد جماهیر شوروی مگس های دیگری نیز مشغول تماشای تلویزیون هستند – مگس های شوروی که نمی توانند این تصور را که مگس های آمریکایی ابتدا به ماه می رسند تحمل کنند. عوامل خاص شوروی برای مداخله در مأموریت آمریکایی به خدمت گرفته می شوند ، از جمله عملیاتی به نام یگور. خوشبختانه ، نادیا ، مگس شوروی ، اسکوتر را می شنود که نام آموس را صدا می کند ، او سالها پیش در پاریس ملاقات کرد و او را دوست داشت.
روی Command Module Columbia ، همزمان با شروع چرخه سوختگی برای ورود به مدار تزریق ماه ، این فضاپیما به شدت لرزیده است. یک اتصال کوتاه در ماژول سرویس وجود دارد که باید به صورت دستی برطرف شود وگرنه کشتی قادر به انجام مأموریت خود نیست. Nat و I.Q. از طریق پیچ و خم سیمها پرواز کنید ، مشکل را پیدا کنید و به موقع آن را تعمیر کنید. کشتی که از کمک مگس ها بی خبر است وارد مدار می شود و درست هنگام تبریک به یکدیگر ، مگس ها را با آئروسل بی حس کننده اسپری می کنند و در لوله آزمایش اسیر می کنند.
مگس ها موفق به شکستن ویال می شوند. نات با ورود به عقاب ماژول قمری ، که بر روی Mare Tranquillitatis قرار می گیرد ، مخفیانه وارد کلاه ایمنی آرمسترانگ می شود. از داخل کلاه ایمنی آرمسترانگ ، Nat با هر قدم تاریخی تحسین برانگیز پرتو می زند. I.Q. و اسکوتر در سطح کلاه ایمنی آلدرین به او می پیوندند. پس از نجات اوج گیری ، نات اسکوتر را به کلمبیا بازگرداند ، عقاب به زندان افتاد. با بازگشت به زمین ، سایر نقشه ها در حال حرکت هستند. پس از بیش از 30 سال دوری ، نادیا به آمریکا می رسد و از آموس دیدار می کند ، و به او و مادر نات در مورد نقشه شوروی برای هدایت ماموریت می گوید. آموس با نذر برای نجات ماموریت بلند می شود. در مأموریت کنترل ، عوامل شوروی آماده می شوند تا کدهای نزول را تغییر دهند. فضانوردان آپولو 11 و مگس ها که از خطر احتمالی آگاه نیستند ، آماده بازگشت به خانه می شوند.
آموس ، مادر نات و نادیا برای رسیدن یگور و طرح شوروی با رسیدن ماژول فرماندهی کلمبیا به جو زمین به هم متصل می شوند. پس از مدتی سکوت رادیویی به دلیل خاموشی یونیزاسیون ، کلمبیا با خیال راحت در اقیانوس آرام پراکنده می شود ، جایی که توسط ناو آمریکایی هورنت بازیابی می شود. نات ، I.Q. و اسکوتر به عنوان قهرمان به حیاط وحش خود بازمی گردند.
در پایان فیلم ، Buzz Aldrin واقعی ظاهر می شود و توضیح می دهد که در طول پرواز تاریخی هیچ مگسی در هواپیما نبوده و از نظر علمی رفتن یک اشکال به فضا غیرممکن است.
