باربارا گوردون در حین گشت و گذار در Powers Industrial ، شاهد به سرقت رفتن یک ژنراتور برق توسط Foot Clan است و همچنین چهار موجود اسرارآمیز و دست نیافتنی را هنگام سرقت مشاهده می کند که به اعتقاد او انسان فربه است. او این موضوع را به بتمن اطلاع می دهد ، که قبل از اینکه از رهبر آنها ، شریدر شکست یابد ، با Foot Clan در Wayne Enterprises می جنگد.
چهار “متاهمان” Batgirl که در واقع دیده می شوند لاک پشت های نینجا Teenage Mutant هستند که برای جلوگیری از شر خردکن شیطانی و کشف اینکه متحد مرموز و جدید او چه کسی وارد گاتهام شده است. لاک پشت ها پس از دفاع از Wayne Enterprises از Penguin ، با بتمن روبرو می شوند و می جنگند ، زیرا هر طرف معتقد است طرف دیگر با Shredder کار می کند. هنگامی که بتمن تجربه بیشتری در جنگ را نشان می دهد لاک پشت ها مجبور به عقب نشینی می شوند.
دوناتلو پس از تحقیق در مورد بتمن و مکان های گزارش شده اش ، موفق می شود لاک پشت ها را به داخل Batcave هدایت کند ، جایی که با روبین درگیری مختصر دارند. پس از ورود بتمن و بت گرل ، لاک پشت ها وقتی فهمیدند که هدف مشابهی دارند ، خود را معرفی می کنند و کمک خود را به خانواده خفاش ارائه می دهند. رابین فاش می کند که Shredder و Foot Clan با Ra’s al Ghul و League of Assassins همکاری می کنند.
در مقابل استفاده از گودال Lazarus ، Shredder و Foot Clan به الغول در ساخت ماشینی کمک می کنند که همه افراد در Gotham را با استفاده از مخلوطی از جهش زا و سم جوکر تبدیل به جهش یافته های دیوانه می کند. به عنوان نمایشی از توانایی های جهش ، یک لیگ نینجا Assassins به طور تصادفی تبدیل به یک گرگ جهش یافته می شود. Ra’s al Ghul و Shredder به Arkham As پناهندگی حمله می کنند و به جوکر در ازای دریافت فرمول سم خود ، یک کپسول جهش زا می دهند.
خانواده خفاش و لاک پشت ها توسط کمیساریای گوردون از یک حادثه در Arkham مطلع می شوند ، جایی که متوجه می شوند جوکر از جهش زا استفاده کرده است تا خودش و همه زندانیان را به حیوانات جهش یافته تبدیل کند ، از جمله او به عنوان شاه کبرا جهش یافته ، آقای فریز به عنوان یک خرس قطبی جهش یافته ، مترسک به عنوان یک کلاغ جهش یافته آمریکایی ، دو چهره به عنوان یک گربه جهش یافته دو چهره ، Poison Ivy به عنوان یک مگس شکن جهنمی که ریشه آن به زمین است ، بانه به عنوان یک جگوار جهش یافته ، و هارلی کوین به عنوان یک جهش یافته کفتار خالدار قهرمانان در برابر سرکشهای جهش یافته روبرو می شوند ، اما جوکر ترکیب جهش / سم را به بتمن تزریق می کند تا او را به یک خفاش خون آشام جهش یافته بدون تغییر تبدیل کند. قهرمانان پس از شکست دادن جوکر ، از یکپارچهسازی جهشی با Batgirl و Donatello برای معالجه بتمن و بعداً زندانیان استفاده می کنند ، اما متوجه شدند که این مورد توجه شریدر و الغول برای تهیه یک ابر ابر Wayne Enterprises بود که آنها برای تکمیل ماشین خود با کمک پنگوئن نیاز داشتند.
با بهبود بتمن در Batcave ، دو تیم متوجه می شوند که دشمنان آنها ماشین خود را در کارخانه Ace Chemicals پرتاب می کنند. بتمن در ابتدا به دلیل تکانه کاری لاک پشت ها دستور ترک گاتهام را می دهد اما رافائل او را متقاعد می کند که بهتر است با هم کار کنند.
با پیشرفت تیم ترکیبی به سمت Ace Chemicals ، آنها بیشتر نیروهای Foot Clan و League of Assassins را قبل از رویارویی با Shredder و al Ghul شکست می دهند. لئوناردو الغول را شکست می دهد ، بتمن شریدر را شکست می دهد و دوناتلو و میکل آنژ دستگاه را قبل از فعال شدن از بین می برند. بقایای حاصل از انفجار ، شریدر را به یک گلدان زهر جوکر می رساند و گیاه را منفجر می کند.
قبل از اینکه لاک پشت ها از گاتهام بروند تا به نزد استادشان برگردند ، بتمن از آنها و خانواده خفاش با پیتزا پذیرایی می کند و این باعث خوشحالی آنها شد.
در یک صحنه پس از تیتراژ ، مشخص می شود که شریدر از انفجار جان سالم به در برد و از بین آوار به صورت یک جوکر هیولای شبیه یک ظاهر می شود.
