یک سال پس از سفر قهرمانانه خود، بالتو با جنا جفت شد و آنها اکنون یک خانواده جدید متشکل از 6 توله سگ در آلاسکا دارند. پنج توله سگ آنها شبیه مادر هاسکی آنها است، در حالی که یک توله سگ به نام Aleu نگاه او را از پدر گرگش می گیرد. وقتی همه آنها به هشت هفته می رسند، همه توله سگهای دیگر در خانه های جدید پذیرفته می شوند، اما هیچ کس به دلیل ظاهر حیوانات وحشی او را نمی خواهد و او را مجبور به زندگی با پدرش می کند. یک سال بعد وقتی بزرگ شد، آلئو تقریباً توسط شکارچی کشته می‌شود که او را با گرگ وحشی اشتباه می گیرد. بالتو حقیقت را در مورد میراث گرگ خود به آلو می گوید، و باعث امیدواری برای یافتن جایگاه خود در جهان می شود. سپس بالتو برای یافتن او به بیابان آلاسکا می رود. در همین زمان، بالتو با رویاهای عجیب یک زاغ و یک گرگ گرگ دست و پنجه نرم می کند و نمی تواند معنی آنها را درک کند. بالتو در جستجوی مفهوم این رویاها تصمیم می گیرد تا آلو را جستجو کند. دوستانش بوریس ، موک و لوک سعی می کنند به او بپیوندند، اما پس از اینکه توسط نیروی ناشناخته ای متوقف شد، متوجه می شوند که این سفر فقط برای پدر و دختر است.
پناهنده در یک غار ، Aleu با موش صحرایی مورو ملاقات می کند ، که توضیح می دهد که Aleu نباید از اصل و نسب خود شرم کند ، که به او می گوید چه کسی است اما نه اینکه او کیست. مورو خود را راهنمای روح الئو می داند و به او می گوید که به یک سفر کشف خود برود. بالتو و آلو دوباره با هم متحد شده و آشتی می کنند و راهی اقیانوس می شوند ، جایی که توسط گروهی از گرگ های گرسنگی شمال غربی به رهبری نیجو ، یک گرگ مغرور و شرور مورد حمله قرار می گیرند. تقابل توسط ناوا مسن ، رهبر واقعی بسته ، که از بالتو و آلو استقبال می کند ، خنثی می شود. ناوا به گله خود اعلام می کند که روح گرگ آنیو در “رویاهای رویایی” با او تماس گرفته است. آنیو به او گفته است كه گله كاریبو كه در طول زمستان به آن وابسته هستند ، آن سوی اقیانوس منتقل شده و دیگر برنخواهد گشت و به زودی توسط یك رهبر جدید هدایت می شود ، “كسی كه گرگ است اما نمی داند”. ناوا معتقد است که بالتو ، که خودش نیم گرگ است ، انتخابی است که آنیو از او صحبت می کرد. با این حال ، نیجو حاضر نمی شود وطن خود را رها کند و کنترل بسته را در دست می گیرد و برای زنده ماندن در زمستان نقشه سرقت از سایر قبایل حیوانات منطقه را می کشد.
Aleu “ر dreamیای رویایی” دارد که گله کارائبو از پلی ساخته شده از گل یخ عبور می کند. صبح روز بعد ، نیجو آماده هدایت حمله به قبیله دیگری می شود ، اما هنگامی که گروه بزرگی از یخ های شناور در اقیانوس دور هم جمع می شوند و یک پل زمینی تشکیل می دهند ، توسط Balto متوقف می شود. بالتو سپس بسته را تا آن طرف پل هدایت می کند تا اینکه ناوا عقب می افتد. وقتی Aleu سعی می کند به ناوا کمک کند ، Niju حمله می کند و Balto برای نجات آنها دو برابر می شود و بسته را بدون سر و صدا ترک می کند. ناوا در سنین پیری نمی تواند سفر را از طریق یخ طی کند و بالتو به نیجو می گوید که برو قبیله را هدایت کند. نیجو از ترس از ترک خانه خود امتناع می ورزد و خیلی زود به ساحل برمی گردد. بالتو خود را برای رفتن به بسته آماده می کند ، اما آلو متوجه می شود که جایگاه واقعی او هدایت بسته است همانطور که ناوا پیش بینی کرده است. بالتو و آلو قبل از این که آلو دوباره به بسته بپیوندد و رهبر شود ، از یکدیگر خداحافظی می کنند. قبل از رفتن به سراغ ساحل ، ناوا قبل از رفتن به دنبال Niju ، با Balto خداحافظی می کند تا بتوانند با هم زنده بمانند. زاغ دوباره به بالتو ظاهر می شود ، و تبدیل به آنیو می شود و نشان می دهد مادرش قبل از شروع راه خانه است.
