در ژوئن 1897 در لندن ، موش جوانی به نام اولیویا فلاورشام در حال تولد خود با پدر بازی ساز خود ، هیرام است. ناگهان یک خفاش با بال معلول و پای گیره به داخل کارگاه فلورشام می ترکد و آقای فلاورشام را می رباید. اولیویا جستجو می کند تا کارآگاه مشهور موش بزرگ به نام ریحان از خیابان بیکر را پیدا کند اما گم می شود. یک جراح به نام دکتر دیوید کیو داوسون که به تازگی از خدمات طولانی هنگ 66 موشک موش در افغانستان بازگشته است ، با اولیویا ملاقات می کند و وی را به محل اقامت باسیل اسکورت می کند. باسیل با رسیدن آنها ، در ابتدا بی تفاوت است ، اما وقتی اولیویا از خفاش پدر ربوده شده اش یاد می کند ، باسیل می فهمد که اولیویا فیدجت ، دستیار پروفسور راتیگان را دید ، شروری که باسیل سالها تلاش کرده است او را دستگیر کند. سپس مشخص شد که راتیگان هیرام را ربوده تا یک ربات ساعت ساز ایجاد کند که از ملکه موش ها تقلید می کند تا راتیگان بتواند بر انگلیس حکومت کند. فلاورشام در ابتدا از شرکت در این طرح امتناع می ورزد اما وقتی راتیگان تهدید به آسیب رساندن به اولیویا می کند کاپیتول می شود. راتیگان قصد دارد ملکه را غصب کرده و “عالی ترین حاکم بر همه مسلکها” شود.
در همین حال ، فیجت از پنجره ظاهر می شود و آنها سعی می کنند او را تعقیب کنند. ریحان به همراه داوسون و اولیویا توبی ، حیوان خانگی شرلوک هلمز ، باست هاند را برای ردیابی رایحه فیجت می برند ، جایی که او را در یک فروشگاه اسباب بازی می دزدند و مکانیزم های ساعت و لباس های سربازان اسباب بازی را می دزد. فیجت اولیویا را کمین کرده و او را اسیر می کند. باسیل و داوسون فیجت را دنبال می کنند اما به راحتی از آنها بزرگتر می شوند. داوسون هنگام جستجوی مغازه ، لیست چک فیدجت را کشف می کند ، که باسیل آزمایش های شیمیایی انجام می دهد تا لیست را از کنار رودخانه در نزدیکی تیمز کشف کند. باسیل و داوسون خود را به عنوان ملوان درآورده و راهی میخانه ای به نام “تله موش” می شوند. آنها فیجت را پیدا می کنند و او را به مقر Ratigan می رسانند اما در کمین Ratigan گرفتار می شوند. راتیگان آنها را به یک تله موش پرشده از فنر متصل کرده است که با دستگاه Rube Goldberg مجهز شده است تا هر دو را بکشد. راتیگان عازم کاخ باکینگهام می شود ، جایی که دژخیم او نقش گارد سلطنتی را می دزدد و ملکه را می رباید. ریحان ضعف دام را استنباط می کند و درست به موقع همراه داوسون و اولیویا فرار می کند.
در کاخ باکینگهام ، راتیگان فلاورشام را مجبور می کند تا اسباب بازی Queen را اداره کند ، در حالی که اصلی را برای تغذیه به Felicia ، گربه خانگی Ratigan منتقل می کنند. ملکه اسباب بازی راتیگان را حاکم تمام موسدوم اعلام می کند ، و او برنامه های دیکتاتوری خود را برای “رعایای” جدید خود اعلام می کند. بعد از اینکه باسیل ، داوسون و اولیویا فلاورشام و ملکه واقعی را نجات دادند ، آنها در حالی که توبی فیلیسیا را تعقیب می کرد ، دیگر دژخیمان فیدجت و راتیگان را مهار می کنند. ریحان کنترل ملکه مکانیکی را بدست می گیرد و باعث می شود راتیگان را تکه تکه کند و آن را به عنوان کلاهبرداری تقبیح کند. جمعیت خشمگین از خیانت راتیگان به او روی می آورند و او در حالی که اولیویا را به گروگان گرفته بود ، با فیجت در امتداد خود فرار می کند. باسیل ، داوسون و فلاورشام صنایع دستی خود را با جعبه کبریت و چند بادکنک کوچک پر از هلیوم ، که توسط اتحادیه جک در کنار هم قرار گرفته ، ایجاد می کنند. راتیگان برای سبک شدن بار ، فیجت را به دریا می اندازد و او تلاش می کند که خود دستگاه dirigible را هدایت کند. ریحان برای مقابله با راتیگان به داخل واحد هادی می پرد و باعث می شود مستقیماً به برج ساعت بیگ بن بیفتد.
درون برج ساعت ، جایی که راتیگان هنوز اولیویا را به گروگان می گیرد ، باسیل موفق می شود شنل راتیگان را روی برخی چرخ دنده ها گیر دهد. او اولیویا را نجات داده و با خیال راحت او را به فلاورشام تحویل می دهد. راتیگان آزاد می شود و باسیل را مورد حمله قرار می دهد و سرانجام او را به خط دبیرستان می کشاند. وقتی ساعت به 10:00 می رسد ، زنگ بلندترین صدا را می زند و راتیگان به جان او می افتد و باسیل را با خود می برد. با این حال ، ریحان بخشی از اصطلاحات راتیگان را می گیرد و خود را نجات می دهد. باسیل و داوسون در خیابان بیکر بازگشتند و ماجراهای خود را بازگو کردند. پس از خروج Flavershams از خانه ، مشتری جدید ناراحت از راه می رسد و از آنها باسیل و داوسون درخواست کمک می کند ، باسیل خاطرنشان می کند که داوسون همکار قابل اعتماد وی است و این باعث می شود داوسون بماند و به ریحان کمک کند.
