لئون اس کندی برای تأیید شایعات استفاده از سلاح های بیولوژیکی (BOWs) در جنگ داخلی کشور وارد جمهوری اسلاوی شرقی می شود. پس از ورود وی ، اینگرید هونیگان به وی اطلاع داد كه دولت دستور عقب نشینی فوری همه نیروهای آمریكایی را صادر كرده است. لئون مصمم به متوقف کردن کمان ها ، دستور را نادیده می گیرد. او در تماس با او قرار می گیرد ، که مورد حمله قرار گرفته و پس از ناکام آمدن لئون توسط انفجار توسط لیسر کشته می شود. یک شکل سایه به لیسر دستور می دهد تا لئون را نکشد. لئون بیدار می شود ، توسط مبارزان شورشی J.D. ، معلم سابق الكساندر كوزاچنكو (بادی) و ایوان جودانوویچ پیر ، آتامان گروه به صندلی بسته می شود.
در همین حال ، رئیس جمهور سوتلانا بلیکووا با آدا وونگ ، که به عنوان یک عامل BSAA ظاهر می شود ، ملاقات می کند. آدا توضیح می دهد که یک انسان آلوده به سویه غالب ویروس رابطه کوتاهی ارباب و برده با کمانهای کمتر خواهد داشت. در جای دیگر ، سربازان به مخفیگاه شورشیان حمله کردند. لئون سعی می کند آنها را در مورد آلودگی ایوان هشدار دهد ، اما بادی شروع به تیراندازی می کند. ایوان به بادی می گوید که او را بکشد و با بی میلی اکراه می کند. لئون فرار می کند و با JD ملاقات می کند ، فقط میزبانان پلاگا به آنها حمله می کنند. JD لئون را به یک کلیسا هدایت می کند ، جایی که آنها با سایر شورشیان دوباره گروه می شوند. جی دی به لئون کمک می کند تا فرار کند ، و از او می خواهد که جلوی بادی را بگیرد ، زیرا او با نفرت از دولت وسواس دارد ، که مدرسه او را بمباران کرد و نامزد و شاگردانش را کشت.
لئون با آدا برخورد می کند ، که اعتراف می کند برای جمع آوری نمونه ای از پلاگا و اشاره به درگیری عاشقانه گذشته با لئون در کشور است. آدا سپس هشدار می دهد که شهر به زودی بمباران می شود ، آنجا را ترک می کند. لئون به کلیسا بازگشت تا ببیند گانادوس به آن حمله کرده و سایر شورشیان را کشته و JD را آلوده کرده است. پس از ورود بادی ، وی و JD آخرین کلمات را با یکدیگر در میان می گذارند و لئون JD را می کشد. سپس لئون از بادی می خواهد که پلاگا را رها کند ، که وقتی هواپیماهای نظامی کلیسا را بمباران می کنند امتناع می کند و فرار می کند.
سوتلانا آدا را به عنوان یک کلاهبردار ، که پس از درگیری با سوتلانا دستگیر می شود ، در معرض دید قرار می دهد. کمی بعد لئون وارد پناهگاهی شد که آدا در آن نگهداری می شود. آدا با استفاده از چاقوی مخفی فرار می کند و در کنترل اصلی کندو با لئون ملاقات می کند. هنگامی که سوتلانا و نیروهای ارتش او را محاصره می کنند ، آدا بمبی دودی رها کرده و فرار می کند ، در حالی که لئون چندین سرباز را می کشد. بادی می رسد ، لیکرها را برای حمله به سربازان می فرستد. سوتلانا برای از بین بردن لئون ، بادی و لیزرها دو Tirants را فعال می کند. لئون و بادی تیم می شوند و به سختی از زیرزمین قصر بیرون می آیند و ظاهراً از طاغوت فرار می کنند.
در خارج ، یک ظالم سوم ظاهر می شود. لئون و بادی آن را با آتش تانک جدا می کنند. وقتی آنها از مخزن واژگون خارج می شوند ، لئون و بادی با دو Tirants اول روبرو می شوند. با تعقیب سلطه گران و بدون مهمات باقی مانده ، لئون آماده می شود تا آخرین وضعیت خود را نشان دهد ، هنگامی که هواپیماهای حمله USAF A-10 ظاهر می شوند و هر دو طاغوت را بیرون می کشند ، نشان می دهد که مافوق لئونس در تمام مدت حضور خود در جمهوری اسلاوی شرقی مراقب او بودند . همانطور که سوتلانا برای کنفرانس مطبوعاتی خود آماده می شود ، با حمله مشترک روسیه و آمریکا به او اطلاع داده می شود ، که وی را مجبور به استعفا می کند.
در حالی که لئون و بادی حمله را مشاهده می کنند ، بادی از لئون می خواهد تا قبل از کنترل پلاگا ، او را بکشد. لئون امتناع می کند ، به او می گوید زندگی کند تا به عنوان زنده یاد کسانی که درگذشتند زندگی کند و سپس به ستون فقرات بادی شلیک می کند و کنترل پلاگا را بر او قطع می کند. سه روز بعد ، لئون در مورد مأموریت با هونیگان صحبت می کند ، در حالی که در جای دیگر آدا با کارفرمای خود در مورد نمونه پلاگا که بازیابی کرده صحبت می کند ، اما مشخص نمی کند که آن را تحویل می دهد یا خیر. این فیلم به پایان می رسد که بادی را روی صندلی چرخدار نشان می دهد ، و خودش را به سمت یک مدرسه سوق می دهد ، احتمالاً بار دیگر معلم شده است. این تیتراژ صحنه های سینمایی Resident Evil 6 را نمایش می دهد.
