در اوایل دوران میجی ، پس از شرکت در جنگ باکوماتسو به عنوان قاتل “هیتوکیری باتوسای” ، هیمورا کنشین با کاتانا با تیغه معکوس در حومه ژاپن سرگردان می شود و به عنوان کفاره قتل هایی که قبلاً مرتکب شده بود ، به افراد نیازمند محافظت و کمک می کند. هنگام ورود به توکیو در سال یازدهم میجی (1878) ، او با زن جوانی به نام Kamiya Kaoru روبرو می شود ، که در میانه جنگ با یک قاتل است – که ادعا می شود هیتوکیری باتوسای است – نام مدرسه شمشیرزنی را لکه دار می کند که او تدریس می کند. کنشین تصمیم می گیرد به او کمک کند و باتوسای جعلی را شکست می دهد. پس از کشف اینکه کنشین قاتل بدنام واقعی است ، کائورو به او مکان اقامت در دوجو خود را پیشنهاد می کند و خاطرنشان می کند که او صلح دوست است و خونسرد نیست ، همانطور که از شهرت او پیداست. کنشین با بسیاری از افراد مانند Sagara Sanosuke ، عضو سابق ارتش Sekihō ، روابط مادام العمر را می پذیرد و شروع به برقراری روابط می کند. Myōjin Yahiko ، یتیمی از یک خانواده سامورایی که او نیز به عنوان شاگرد خود با Kaoru زندگی می کند. و پزشکی به نام تاکانی مگومی ، گرفتار تجارت تریاک. با این حال ، او همچنین با دشمنان جدید و قدیمی خود ، از جمله رهبر سابق Oniwabanshū ، Shinomori Aoshi ، برخورد می کند.
کنشین پس از چندین ماه زندگی در دوجو ، با رقیبی از افسر پلیس باکوماتسو ، Sait، Hajime روبرو می شود. به نظر می رسد این آزمایشی برای رویارویی با جانشین وی است. شیشیو ماکوتو ، قصد دارد با از بین بردن دولت میجی ، از کیوتو ، ژاپن را فتح کند. کنشین با احساس اینکه ممکن است جناح شیشیو به دوستانش حمله کند ، برای شکست دادن او به تنهایی به ملاقات شیشیو می رود. با این حال ، بسیاری از دوستان وی ، از جمله یک Oniwabanshū جوان به نام Makimachi Misao ، که در سفرهای خود با او ملاقات می کند ، تصمیم می گیرند تا در جنگ او را کمک کنند. کنشین پس از اولین ملاقات با او ، متوجه می شود که برای شکست دادن شیشیو باید قویتر شود بدون اینکه به قاتلی سرد که در گذشته بود تبدیل شود و به مردی که به او هیکو سیجوری ، کنجوتسو آموخته است ، برمی گردد تا تکنیک نهایی مدرسه را بیاموزد. او سرانجام کمک دوستانش را می پذیرد و در یک مبارزه نزدیک شیشیو را شکست می دهد. شیشیو به دلیل افزایش دمای بدن ناشی از سوختگی شدید ، در اثر شعله ور شدن درگذشت.
هنگامی که کنشین و دوستانش به توکیو بازگشتند ، یوکیشیرو انیشی را پیدا می کند که قصد دارد با کشتن دوستانش انتقام بگیرد. در این مرحله ، مشخص شد که ، در زمان باکوماتسو ، کنشین قرار بود با زنی به نام یوکیشیرو تومو ازدواج کند. او در ابتدا می خواست انتقام مرگ نامزد اول خود را كه كنشین كشته بود ، بگیرد ، اما در عوض ، هر دو عاشق شدند و از او خواستگاری شد. سپس کشف شد که توموئه مربوط به گروهی از نگهبانان ادو بود که می خواستند کنشین را بکشند و تومو توسط آنها خیانت می شود و اسیر می شود تا به عنوان طعمه استفاده شود. کنشین برای نجات او می شتابد ، هم مهاجم خود را می کشد و هم اعتقاد بر این است که توموئه را بطور تصادفی می کشد ، که در آخرین لحظه می پرد تا کنشین را از یک حمله مهلک نجات دهد. انیشی که می خواست انتقام مرگ خواهرش را بگیرد ، کائورو را می رباید و یک عروسک اجساد را که شباهت خیره کننده ای از کائورو دارد ، پشت سر می گذارد تا کنشین پیدا کند و لحظه ای ناراحت شود. کنشین و دوستانش هنگامی که متوجه شدند Kaoru زنده است ، برای نجات او به راه افتادند. نبردی بین کنشین و انیشی در ادامه می آید و وقتی کنشین پیروز می شود ، او و کائورو به خانه برمی گردند. پنج سال بعد ، کنشین با کائورو ازدواج کرد و صاحب پسری به نام هیمورا کنجی شد. کنشین در حال صلح با خودش ، شمشیر معکوس خود را به یاهیکو می دهد.
