باند Mystery، Inc در شب هالووین به کارناوال هالووین کولزویل می روند. آنها با جادوگر مقیم “The Amazing Krudsky” (با صداگذاری وین نایت) روبرو می شوند که از دیدن اسکوبی برای دیدن نمایش خودداری می کند ، بنابراین او و Shaggy تلافی می کنند و در نتیجه یکی از اقدامات خود را به عنوان کلاهبرداری نشان می دهند ، باعث می شود تماشاگرانش بیرون بروند و Krudsky به انتقام سوگند. باند از کارناوال به بیرون پرتاب می شود و تصمیم می گیرد یک کلاهبرداری کند.
کروودسکی در چادر خود تمایل خود را برای تبدیل شدن به یک شعبده باز واقعی نشان می دهد. Fairy Princess Willow (با صدای هیدن پانتیه) وارد چادر Krudsky می شود و باعث می شود Krudsky به ورودی Geptin Goblin در یک کتاب هجی توجه کند ، که می تواند با جادوی افسانه ای کنترل هالووین شود. پس از آن كرودسكی برای بدست آوردن عصا و اداره جهان با آن ایده ای بدست آورد. بید تصمیم می گیرد با او بازی کند ، اما خودش را ناک اوت می کند. Krudsky می بیند که او یک پری است و قدرت جادویی خود را جذب می کند ، بنابراین یک جادوگر واقعی می شود.
در همین حال ، آخرین توقف و شگرد Shaggy’s و Scooby یک خانه ظاهری شبح وار است که ادعا می کند “یک مغازه جادویی واقعی” است. پس از ورود ، رعد و برق آغاز می شود و آنها را می ترساند. صاحب مغازه جادوگری آقای گیبلز (با صداپیشگی والاس شاون) به این دوتایی نشان می دهد که جادو در حقیقت وجود دارد و آهنگی را می خواند. كودكسي با تعقيب بيد وارد مغازه شده ، وي را اسير مي كند و سپس گيبلز را به خرگوش تبديل مي كند و قبل از ترك وسايل جادويي را مي دزدد. آقای گیبلز نقشه كرودسكی را برای Shaggy و Scooby توضیح می دهد و به آنها تصویری از تبدیل كرودسكی به دوستان خود به هیولا و ترساندن این دو نشان می دهد. گیبلز آنها را سوار راه آهن Grim Reaper می کند که آنها را به دنیای روح پرواز می دهد و به آنها هشدار می دهد که باید قبل از طلوع آفتاب به خانه برگردند وگرنه برای همیشه در دنیای روح گیر می افتند. قبل از عزیمت ، Shaggy و Scooby با استفاده از کارتهای جادویی موقت در نسخه های هیولایی مانند خود جادویی می شوند.
در همین حال ، هنگام جستجوی Shaggy و Scooby به دنیای واقعی ، بقیه اعضای این باند می بینند كه كرودسكی از طریق آینه ای با شاه گابلین (با صداگذاری تیم كوری) در حال گفتگو است كه با اكراه موافقت می كند كه نیمه شب عصای خود را با پرنسس بید عوض كند. دیدن همه جادوها باعث می شود ولما بیهوش شود. در حالی که فرد و دافنه ولما را ترک می کنند تا در ماشین رمز و راز استراحت کنند ، در حالی که آنها تله ای برای Goblin King و Krudsky ایجاد می کنند.
در دنیای جادویی ، لباس های Shaggy و Scooby با برخورد با گرگینه از بین می روند. آنها برای اینکه از کنار او عبور کنند ، او را متقاعد می کنند که در مجموع یک گرگ هستند. در طول آهنگ “Bump in the Night” ، شاگی در غزلیات نحوه دستیابی به قلعه گابلین کینگ را اضافه می کند که باعث می شود همه هیولاها از میله خارج شوند. دو دژخیمان اجنه گابلین کینگ ، گلوب و گلوم (با صدای جیمز بلوشی و لری جو کمبل) تلاش می کنند اسکوبی و شاگی را اسیر کنند اما توسط جک اولانرن (با صدای جی لنو) متوقف می شوند. سپس این سه نفر با یک اسب بی سر روبرو می شوند که سعی دارد دوباره با جک بپیوندد. آنها از سوارکار فرار می کنند و به کلبه جادوگران می رسند و در آنجا با جادوگر بزرگ (با صداگذاری لورن باکال) و دو جادوگر دیگرش (با صدای گری دلیسل و روسی تیلور) مواجه می شوند. جادوگران ، شاگی و اسکوبی را سوار بر چوب جارو پرواز خود به سمت قلعه گابلین کینگ می فرستند ، اما توسط گلوب و گلوم توسط یک توپ گابلین ساقط می شوند.
فرود تصادف در یک دهکده کوچک جن ، Shaggy و Scooby سه جن به نام Sparkplug ، Honeybee و Tiddlywink پیدا می کنند که به آنها در ورودی قلعه Goblin King کمک می کنند. با استفاده از معجون جادوگران (ساخته شده از شخصی به نام “خراش”) ، Shaggy و Scooby برای ورود به قلعه خود را به صورت Daphne و Velma مبدل می کنند. فقط چند دقیقه با نیمه شب فاصله دارد ، شاگی و Scooby سعی می کنند عصا را از Goblin King بدزدند اما وقتی لباس مبدل آنها از بین می رود دستگیر می شوند و به سیاه چال برج می روند.
هنگامی که فرد و دافنه تله ای را آزاد می کنند ، Krudsky و Goblin King تقریباً در تجارت خود به سر می برند ، اما فقط موفق به گرفتن Goblin King می شوند. Krudsky عصا را برمی دارد ، قبل از اینکه پادشاه Goblin را به یک غاز تبدیل کند ، خود را به پادشاه Goblin جدید تبدیل می کند. كرودسكی و ارتش جدید اجنه اش برای تصرف جهان به راه افتادند. او ماشین Mystery Machine را برای تعقیب فرد ، دافنه ، ولما و بید به یک وسیله نقلیه هیولایی زنده به نام “ماشین هیولا” تبدیل می کند. اجنه این سه نفر را اسیر می کند و کروودسکی با استفاده از قدرتهای تازه خود فرد را به خون آشام ، دافنه را به یک جادوگر و ولما را به یک گرگینه تبدیل می کند (دیدگاه وحشتناکی که اسکوبی و شاگی قبلاً توسط آقای گیبلز نشان داده شده بودند).
در آن لحظه ، Scooby ، Shaggy و Jack O’Lantern می رسند که قبل از طلوع آفتاب توسط پری ها و Broomy از سیاه چال نجات یافته اند. جک خود را فدا می کند ، و باعث می شود کروودسکی کارمندان خود را کنار بگذارد. اسکوبی سپس از کارکنان برای شکستن طلسم های Krudsky قبل از بازگرداندن آن به Goblin King ، که مشخص می شود پدر پرنسس Willow است ، استفاده می کند. گابلین کینگ دخترش را مسئول همه دردسرهای ایجاد شده می داند و او را به مدت یک سال به عنوان مجازات محکوم می کند ، اگرچه او اعتراف می کند که از بازگشت او راحت شده است. آقای گیبلز در حالی كه كرودسكی را به جرم جنایات خود زندانی می كند ، با كمك گابلین كینگ جك را به زندگی برگرداند. او ، ارتش اجنه ، Willow ، Jack ، Broomy و Mr. Gibbles همگی به دنیای جادویی برمی گردند. قبل از عزیمت ، گابلین کینگ با استفاده از یک طلسم آخر خاطره وقایع را از ذهن فرد ، دافنه و ذهن ولما پاک می کند تا تعادل بین جهان را حفظ کند. با این حال ، اسکوبی و شاگی مجاز به حفظ خاطرات خود هستند زیرا شهامت خود را ثابت کرده اند.
