در کولزویل ، اوهایو ، نمایشگاه فرزندخواندگی حیوانات خانگی برگزار می شود. Scooby-Doo برای فرزندخواندگی است ، اما هیچ کس او را نمی خواهد. بعدا ، در بازگشت به پوند ، Scooby به طور تصادفی پشت سر گذاشته شده است. او در جستجوی پناهگاه از یک رعد و برق ، با قبرستانی روبرو می شود که در آن شاهد دو روح از قبرهای آنهاست که برخاسته اند. Scooby وحشت می کند و فرار می کند و در نهایت به اتاق خواب نورویل “Shaggy” Rogers ، یک دست و پا چلفتی و دمدمی مزاحم می رسد. این دو به سرعت پیوند می خورند و شاگی اسکوبی را به فرزندی قبول می کند.
بعداً ، شاگی سعی می کند Scooby را به داخل اتوبوس مدرسه قاچاق کند ، اما درگیری بین Shaggy ، Scooby و برخی از قلدرها آغاز می شود که باعث می شود اتوبوس به یک میله پرچم برخورد کند ، که بر روی ماشین معاون رئیس گرایمز می افتد و شیشه آن را خرد می کند. به دلیل درگیری در اتوبوس و صدمه به ماشین گریمز ، شاگی به همراه سه نفر دیگر برای بازداشت به کتابخانه فرستاده می شود: فرد جونز ، بازیکن خط حمله تیم فوتبال. ولما دینكلی ، یك متخصص علمی و دافنه بلیک ، دانشجوی ثروتمند باشگاه درام. آنها تا حدودی به دلیل علاقه مشترک به اسرار پیوند می خورند ، اما به سرعت اعصاب یکدیگر را می گیرند. دو روح به طور ناگهانی ظاهر می شوند و آنها را به بدنسازی که محل برگزاری یک رالی pep است ، تعقیب می کنند. شبح سوم ، شبح ، ظاهر می شود که خواستار ترک همه است. دیلد مدیر جمع آوری تمبر تصمیم می گیرد مدرسه را تعطیل کند ، اما معاون مدیر گریمز این کار را یک شوخی قلمداد می کند و به دلیل عدم اعتقاد به وجود اشباح در مدرسه ، رباعی را تعلیق می کند.
این باند سعی می کند با تحقیق در مورد ارواح موجود در مدرسه ، نام آنها را پاک کند ، اما در نهایت Shaggy و Scooby-Doo در فریزرهای کافه تریا محبوس می شوند. آنها صبح روز بعد توسط گریمز ، که تعلیق باند را به اخراج تبدیل می کند ، آزاد می شوند و تهدید می کنند که اگر دوباره دزدکی به مدرسه بیایند ، آنها را دستگیر خواهند کرد. با فرض اینکه کتابدار و سرایدار مدرسه پس از به خاطر آوردن شکایت شاگی از این موضوع ، می خواستند مدرسه را تعطیل کنند ، آنها از دانش دافنه در مورد لباس تئاتر استفاده می کنند تا دزدکی به مدرسه وارد شوند ، اما وقتی ولما متوجه می شود که اخیراً یک کتاب طلسم توسط چک شده است ، آنها از این شرط معاف می شوند. گرایم ، باعث می شود فکر کنند که گرایمز مظنون اصلی آنها است. جستجوی شبانه در خانه Grimes آنها را به اطلاعات مربوط به کپسول زمانی که در زیر مدرسه دفن شده است می رساند. ارواح دوباره حمله می کنند و نوجوانان ناک اوت می شوند. Spectre ، اسکوبی و گریمز را به عنوان زندانی نگه می دارد ، باند را مجبور می کند تا در زیر زمین به دنبال کپسول زمان بگردد. آنها که قادر به یافتن کپسول نبودند ، اسپکتر را فریب می دهند تا پایین بیاید تا کپسول را از سوراخ خارج کند ، اما هنگامی که آنها می خواهند وی را در یک اتاق سیل زده حبس کنند ، نقشه نتیجه عکس می دهد و Spectre کپسول را بدست می آورد.
این باند با دزدیدن کپسول به عقب ، از کتاب طلسم برای تبعید ارواح استفاده می کند. Scooby موفق می شود از قید و بندهای خود خلاص شود و دقیقاً به موقع می آید تا Spectre را که معلوم می شود دیل اصلی است ، تسلیم کند. مدیر اصلی نشان می دهد که یک چاپ غلط تمبر در کپسول زمان پنهان شده بود ، چیزی که ارزش آن یک ثروت بود. قرار بود کپسول زمان با شروع کار مدرسه ای به نام آکادمی کولزویل دفن شود ، اما آن روز سیل به شهر وارد شد و کپسول در مدرسه قدیمی در زیر مدرسه جدید گم شد. دیدل ، مصمم به ادعای اشتباه چاپی در کپسول زمان ، از کتاب طلسم برای احضار ارواح استفاده کرد تا همه را بترساند تا او به عنوان Spectre بتواند کپسول زمان را خودش باز کند.
جرایم دیدل به پلیس و ناظر گزارش می شود و خود ددل نیز برکنار و دستگیر می شود. این گروه مجدداً در Coolsville High ثبت نام کرده و توسط Grimes که رئیس جدید می شود ، به او تبریک می گویند. گریمز همچنین از این باند به دلیل اینکه به دروغ آنها را متهم کرده عذرخواهی می کند و سپس اعلام می کند که رسماً قصد دارند کپسول زمان آکادمی کولزویل را دفن کنند. درست هنگامی که آنها شروع به حفاری می کنند ، شاگی به طور تصادفی بیل خود را که روی ماشین Grimes قرار می گیرد ، پرتاب می کند و یک بار دیگر شیشه اتومبیل آن را خرد می کند. به جای بازداشت او ، گریمز با بیان اینکه حوادث رخ می دهد ، شاگی را می بخشد. این گروه تصمیم می گیرند که با هم بمانند و رمز و رازها را حل کنند ، و آنها برای “تحقیق در مورد برخی اتفاقات عجیب در موزه کولزویل” تصمیم می گیرند ، اشاره به قسمت اول Scooby-Doo Where Are You! و اولین شرور آنها ، شبح شوالیه سیاه.